João José Alves Dias nasceu a 1 de Outubro de 1957.
De 1969 a 1977 frequentou os estudos do ensino Preparatório, Secundário e Geral dos liceus (tendo feito o ramo de Ciências no Liceu Normal Pedro Nunes e o de Letras no Liceu Passos Manuel, ambos em Lisboa). No ano lectivo de 1977/78 frequentou o Ano Propedêutico.
Em 1978 matriculou-se no curso de História da Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, que frequentou regularmente até 1982. Conseguiu dispensa de exame final em todas as disciplinas, tendo ficado Licenciado no dia 24 de Junho de 1982 com a média geral de dezassete valores.
Em 1982 entrou por concurso público para Assistente Estagiário em História Medieval e Moderna na Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa.
Em 1984, 15 e 16 de Novembro, prestou Provas de Aptidão Pedagógica e Capacidade Científica, em que obteve a classificação de Muito Bom, tendo passado a Assistente da mesma Faculdade.
Em 1993, 11 de Fevereiro, realizou o Doutoramento em História (História Económica e Social séculos XV-XIX), em que obteve a classificação Aprovado com Distinção e Louvor, por unanimidade, tendo passado a Professor Auxiliar da mesma Faculdade.
Em 2001, 19 de Junho, concluíu as provas de Agregação recebendo, por unanimidade, o título de agregado no grupo de História, disciplina de História de Portugal Moderna.
É Presidente do Centro de Estudos Históricos, da Universidade Nova de Lisboa.
É membro da Associação Historians of Early Europe.
É membro da Associação de História Medieval Portuguesa.
É socio da Sociedade de Geografia de Lisboa.